我院在1989年已开展以治疗药物血药浓度监测、药动学和药品不良反应监测为主的临床药学工作，取得明显成效。 2004年广东药科大学临床药学教研室和药品不良反应研究室平行设置于药学部，2006年成为“卫生部临床药师培训基地”、2007年成为“卫生部临床药师制试点单位”、2010年成为广东省抗菌药物监测网数据处理中心；2012年临床药学成为广东省“十二五”医学重点学科；同年建立“临床药学应用型人才培养科研平台”， 获中央财政支持300万元，平台包括药物相关基因检测、药物不良反应监测及处理、治疗药物监测及群体药代动力学监测；自动化药房系统、药学门诊、信息系统、合理用药软件和临床药物试验机构；中心实验室拥有液相质谱分析仪、流式细胞仪、荧光显微镜、激光共聚焦显微镜和生物安全柜等，达到国内同类实验室的先进水平。此外，临床药学设有独立的临床药学实验室、临床药师工作室、进修药师办公室、药品质量控制室及会议室等，能满足临床药学需要，可开展临床药学相关试验研究，总面积为900㎡。2017年专门成立药学信息室，并由一名博士专门负责。

现药学专业技术人员82人，占全院卫生技术人员的比例为71.1 %，临床药学共25人，其中教授、主任药师10人，副教授、副主任药师3人；博士11人，硕士6人；硕士生导师9人；广东省特支计划“百千万工程青年拔尖人才”1人、广州市“珠江科技新星”1人。获国家自然科学基金11项、省自然科学基金4项、省科技计划项目4项、国家卫计委委托研究课题2项、省医学研究基金4项、省教育厅项目4项、广州市科技局项目1项，共获资助1200多万元；获专利9项；发表SCI 38篇，总影响因子89.59；核心期刊64篇；编写教材、著作41部。先后获广东省科学技术一等奖、中国药物制剂大会“青年药剂学奖”、“第十二届全国医药卫生青年科技论坛”三等奖、“中国优秀药师奖”等。

临床药师涵盖抗感染、呼吸、肿瘤、心血管、消化和神经内科等多个专业，已培养11期54位临床药师，开展药学查房、药师门诊、药学会诊等多项药学服务，同时开展基因突变、基因表达、基因多态性、CYP2C19、体内药物浓度监测等项目。2017年获得“国家药物临床试验机构”资格认定，可开展新药临床试验的专业包括心血管内科等10个专业。2005年起已连续举办了12期“临床药师系列培训班”共计有国内200多家医疗机构的3000多名学员接受培训。近三年举办5项国家级继续教育项目及5项省级继续教育项目。